Le FODECC assure le financement et le paiement des prestations à lui soumis par quatre Ordonnateurs:

• Le Ministre en charge de la recherche , en ce qui concerne le soutien à la recherche appliquée sur ces produits et à l’amélioration de leur qualité;
• Le Ministre en charge de l’Agriculture , pour l’encadrement des producteurs, la vulgarisation des itinéraires techniques et des travaux d’aménagement des pistes cacaoyères et caféières;
• Le Ministre en charge de la commercialisation  du cacao et du café, pour ce qui est de l’appui aux programmes de formation et d’information des opérateurs des filières cacao et café, la promotion de la transformation et de la consommation locale du cacao et du café, la promotion et la défense d’un label pour le cacao et le café, ainsi que la recherche des marchés de niche pour ces produits;
• Le Ministre en charge de la transformation  du Cacao et du Café, pour ce qui est de l’appui à la transformation locale des produits.

Et est sous tutelle financière du  Ministre en charge des Finances .